Основными задачами департамента являются:
- контроль и проверка исполнения территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, находящимися в пределах округа, их должностными лицами, а также организациями федеральных законов, указов, распоряжений и иных решений Президента Российской Федерации, постановлений и распоряжений Правительства Российской Федерации;
- контроль за реализацией посланий Президента Российской Федерации Федеральному Собранию Российской Федерации и федеральных программ в округе;
- подготовка на основании проведенных контрольных мероприятий информации для полномочного представителя о выявленных нарушениях и предложений по их предупреждению и устранению.
В соответствии со своими основными задачами департамент осуществляет следующие функции:
- организует контроль и проверку выполнения территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, находящимися в пределах округа, их должностными лицами, а также организациями федеральных законов, указов, распоряжений и иных решений Президента Российской Федерации, постановлений и распоряжений Правительства Российской Федерации;
- организует контроль за реализацией посланий Президента Российской Федерации Федеральному Собранию Российской Федерации и федеральных программ в округе;
- организует взаимодействие с Контрольным управлением и органами прокуратуры Российской Федерации в ходе проверок исполнения в федеральном округе федеральных законов, указов и распоряжений Президента Российской Федерации, постановлений и распоряжений Правительства Российской Федерации;
- взаимодействует с федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, организациями, находящимися в пределах округа, а также с подразделениями аппарата полномочного представителя при осуществлении контрольных мероприятий;
- координирует деятельность представителей территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, органов государственной власти субъектов Российской Федерации, контрольных, надзорных, правоохранительных и других органов, находящихся в пределах округа, привлеченных к проведению проверки;
- вносит по результатам проверок предложения полномочному представителю о совершенствовании деятельности федеральных органов исполнительной власти, органов государственной власти субъектов Российской Федерации, находящихся в пределах округа;
- направляет в необходимых случаях по согласованию с полномочным представителем в органы прокуратуры Российской Федерации, органы внутренних дел Российской Федерации, органы федеральной службы безопасности и другие органы исполнительной власти материалы о выявленных нарушениях.